Визуализируйте свой мозг онлайн
Видео-инструкция
Перейти в раздел визуализации
Если у Вас МРТ в формате .dicom, то следующая часть статьи Вам пригодится:
Преобразование изображений Siemens DICOM в формат MINC
Если вы находитесь на этой веб-странице, вы, скорее всего, ищете помощь в том, как преобразовать ваш CD или DVD с изображениями DICOM от сканеров МРТ Siemens BIC в формат MINC.
Можно использовать сервис
Программа, которая делает это, называется dcm2mnc (из DICOM в MINC), и ее можно запустить, введя следующее в командной строке на любом компьютере BIC (или в эмуляторе выше):
dcm2mnc [options]
На вашем диске должны быть 1 или более каталогов с именами из 8 цифр; они содержат ваши изображения. Рекомендуется скопировать содержимое с диска в локальный каталог и запустить программу преобразования в этом локальном каталоге. На компакт-диске также, вероятно, есть файл dicomdir в корневом каталоге, который вы можете игнорировать.
Если у вас есть более одного каталога изображений и имена каталогов начинаются, например, с 070987, вы можете скопировать файлы следующим образом:
cp -R /media/cdrom/070987* /data/localdisk/.
После того, как файлы были скопированы, проверьте соответствие количества файлов. Например:
ls -A /media/cdrom/0709873/ |wc -w
и сравните результат с:
ls -A /data/localdisk/0709873/ |wc -w.
«wc -w» подсчитывает количество файлов в каталоге. Надеюсь, числа совпадают, и вы готовы преобразовать их с помощью следующей команды:
dcm2mnc /data/localdisk/0709873/* /data/output_dir/
Полученные имена файлов длинные и загадочные. Вот как их расшифровать:
<фамилия>_<имя>_<дата>_<время>_<номер_серии>_mri.mnc.gz
Несколько моментов, которые нужно учесть:
1- Убедитесь, что ваш выходной каталог не является подкаталогом ваших исходных файлов. И убедитесь, что ваш входной каталог содержит только файлы DICOM, которые вы хотите преобразовать.
2- Возможно, у вас может быть слишком много файлов в одном каталоге, которые превысят отведенную оболочке память для аргументов командной строки. Например, если у вас есть более 3000 отдельных файлов DICOM в одном каталоге, которые вы хотите преобразовать, вы можете получить сообщение об ошибке, жалующееся на то, что «список Arg слишком длинный».
Если это произойдет, вы можете попробовать запустить команду немного другим способом. Попробуйте выполнить следующие действия при входе в BIC:
find | xargs -i dcm2mnc \{\} <выходной_каталог>
3- Программа преобразования сможет преобразовывать только необработанные необработанные изображения DICOM. Сюда входят взвешенные 3D-T1 анатомические изображения, локализаторы, изображения BOLD fMRI и диффузионно-взвешенные изображения. dcm2mnc вылетит, если вы попытаетесь преобразовать изображения, отличные от только что упомянутых.
Для вопросов
На главную